帝の崩御と皇女アンジュ暗殺未遂から始まった混乱、そしてオシュトルが世界に溶けて消え去ってからの数日後。オシュトルの遺志を継ぎ、ネコネの助けを借りてオシュトルに扮したハクは、無事アンジュを、オシュトルやネコネの故国であるエンナカムイへと避難させることに成功する。だがヤマト八柱将のライコウは、偽の皇女を擁立してヤマトを掌握しようとしていた。

やがて、毒によって衰弱していたアンジュが回復すると、例え戦になっても、父である帝が残してくれたアンジュの名と皇女の地位を取り戻したいと語る。オシュトル（ハク）はその意を汲み、仲間と共に帝都奪還に向けての戦いの道を進んでいく。ライコウの策に悩まされながらもオシュトルは、正当な皇女アンジュの名の下に、ヤマト各国の反朝廷勢力を糾合、やがてライコウ率いる朝廷軍との決戦に挑む。

またトゥスクルは、ヤマトが再び侵攻してくる可能性があるとして、内乱状態にあるヤマトを今のうちに攻撃することを決定。ハクの“死”を聞かされて帰国していたトゥスクルの皇女クオンは、それが結果的にアンジュらを助けることに繫がると考え、ヤマト攻略の指揮を引き受ける。

さらに、ハクの実兄だったヤマトの帝が語っていた、大いなる父（オンヴィタイカヤン）こと旧人類の遺産を巡っての策謀が繰り広げられる。