主人公・翔子は流星学園中等部に通う中学生。

仲良しだった姉・響子は、5年前に海外留学してから行方知れずのままだった。

そんなある日、得体のしれない何者かが突然翔子を襲う。

襲ってきたのは、かつて女神アテナが封じ込めた邪神エリスの手下・邪精霊（ドリアード）たちだった。

そこで翔子はアテナや聖闘士、聖闘少女（セインティア）の存在を知り、同時に自身と姉の残酷な宿命を知ることになる。

魂を封じられた邪神エリスの復活を目前に控え活発化する邪精霊たち。

星矢たちが銀河戦争や十二宮での死闘を繰り広げている裏側で、沙織や聖闘少女は、黄金聖闘士の力を借り、邪精霊とも壮絶な戦いを繰り広げる！

そして、悪のサガ復活の兆しも…。

全てのカギを握るのは、聖闘少女になるべく鍛錬を始めたばかりの翔子ー！

過酷な宿命に打ちのめされながらも、運命に抗い闘う少女たち。

少女たち神々との壮絶な戦いの物語が幕を上げる！