時は幕末。

日の本の未来を憂い、各々の信念に従い突き進む志士たちが魂を燃やす時代。

長州の風雲児・高杉晋作は、相棒の桂小五郎とともに徳川慶喜率いる幕府海軍船に潜り込もうとしていた。

目指すは「刻《とき》を操る力」があるという伝説の秘宝”時辰儀（じしんぎ）”。

ほかならぬ幕府がその力を我が物にせんとしていると耳にした高すぎは

「そんなやり方、つまんねぇ！！」

と時辰儀の破壊を企てる。

一時は時辰儀を手にする高杉らだったが何者かに奪われ、追って向かうは慶喜のいる今日の都。

だが、そこで目にしたのは異様な姿で君臨する”巨城スサノオ”だった。自分たちがする様相とは全く異なる町並み・町民たちの様子に戸惑う高杉たち。

そこは、仮面の将軍・無限斎に支配された「もう一つの幕末《BAKUMATSU》」だった！